El acuerdo final para la terminación del conflicto y la construcción de una paz estable, es el destino del camino que recorre la Jurisdicción Especial para la Paz: todos sus esfuerzos buscan reivindicar los derechos de las víctimas del conflicto armado colombiano y evitar la repetición de la violencia. Pueden ser comparecientes en la JEP, las personas naturales, nacionales o extranjeras que cometieron o presuntamente participaron en conductas delictivas que guardan relación directa o indirecta con el conflicto armado. Las conductas delictivas deben haberse cometido antes del 1º de diciembre de 2016. La JEP asume la competencia de comparecientes relacionados con los siguientes grupos: miembros y colaboradores de las FARC-EP; miembros de la fuerza pública; agentes del Estado no integrantes de la Fuerza Pública; terceros civiles y otros terceros cuyas conductas asociadas al conflicto se desarrollaron en el marco de la protesta social o de disturbios internos.
Lo anterior significa que, en la JEP, la participación de los comparecientes de la fuerza pública se realiza dando la cara a las víctimas y a las comunidades afectadas por el conflicto. El proceso de comparecer va mucho más allá de las intervenciones reservadas a los recintos judiciales. Involucra, además, acciones y respuestas que los comparecientes aportan en diversos escenarios del sistema integral de verdad, justicia, reparación y no repetición. El compromiso de los comparecientes de la fuerza pública debe materializarse, no solamente a través de declaraciones, sino muy especialmente en la expresión de iniciativas y actitudes congruentes con garantizar los derechos de las víctimas; contribuir para aportar el máximo de verdad y restablecer sus derechos individuales, para un cambio en las causas de los daños sufridos.
El modelo de la justicia transicional pretende recuperar el tejido social gravemente deteriorado por el conflicto. Las sanciones propias impuestas, deben guardar coherencia con el propósito de reparación a los derechos de las víctimas y el establecimiento de condiciones de desarrollo e igualdad en las zonas más afectadas por el conflicto armado. Así, deben contribuir a resolver los factores estructurales que estimulan la violencia, restablecer los derechos colectivos de las comunidades afectadas y procurar eliminar las desigualdades entre los habitantes del campo y la ciudad.
La desarticulación interinstitucional del Estado para la implementación de las sanciones propias y medidas de contribución a la reparación es un grave problema que enfrenta el sistema. No hay instancias de coordinación entre la rama ejecutiva y la JEP. Estos vacíos institucionales han entorpecido el proceso, tal como lo reflejan las líneas base del CONPES 4094 de 2022. No existe hoy un acompañamiento institucional a los miembros de la fuerza pública comparecientes ante la JEP que permita una comparecencia eficiente y adecuada ante el sistema integral. En consecuencia, existe un alto riesgo de reincidencia y reclutamiento por parte de los GAO y GAO-R. El cruel abandono los deja a merced de la ilegalidad. Como si fuera poco, los miembros de la fuerza pública víctimas no están priorizados en los macro casos que actualmente se investigan en la jurisdicción.
